Phú Thuận là xã thuần nông, nằm trong khu vực Tứ giác Long Xuyên thuộc huyện Thoại Sơn, tỉnh An Giang, phía Đông giáp với phường Mỹ Thới, Mỹ Thạnh (TP. Long Xuyên), phía Tây giáp với xã Vĩnh Chánh, huyện Thoại Sơn; phía Nam giáp với thành phố Cần Thơ, phía Bắc giáp với thị trấn Phú Hòa.Tổng diện tích tự nhiên là 3.120,26 ha, chiếm 6,63% diện tích toàn huyện (47.082,03 ha), trong đó tổng diện tích đất sản xuất nông nghiệp là: 2.287 ha.